El emblema de Sakya Drogon Ling, fue diseñado por nuestro Ven. Lama Residente Khempo Thupten Nyima, apoyándose en otro antiguo que teníamos diseñado por nuestro Lama Fundador y Director Espiritual Ven. Khempo Acharia Lama Jamyang Lekshey.
Cada símbolo de este emblema tiene un significado muy profundo que intentaremos describir aquí.
Comenzando desde el interior hacia afuera, en el centro hay un loto, símbolo de la pureza, ya que al igual que el loto crece entre el barro, a pesar de ello, permanece bello y hermoso sin ser manchado por esta circunstancia, sobre él hay una espada con fuego en su punta, símbolo de Manjushri, el Buda de la Sabiduría, ya que esta espada de llamas corta e ilumina toda ignorancia u oscurecimiento. Rodeando a esta espada, hay unos círculos con los colores de los cinco elementos, cinco sabidurías, etc. Rodeando a esto hay una Rueda del Dharma, símbolo de la Doctrina o Enseñanza de Buda.
En el círculo exterior y entre las leyendas en tibetano y castellano con el nombre del Centro, hay a ambos lados tres gemas con fuego, que simbolizan las Tres Joyas Supremas, esto es, Buda, Dharma y Sangha. Rodeando a todo esto, hay un círculo más interior de color blanco, otro más exterior de color rojo y este último círculo descrito de color azul, los tres círculos juntos representan los colores Sakyas por excelencia, los cuales tienen una simbología muy rica, una es que representan los tres Bodhisattvas, Manjushri, Chenresig y Vajrapani, otro son las tres caras de la Deidad Vajrakilaya, etc.